As terras em que hoje se encontra a fazenda Santa Genoveva tiveram origem nas sesmarias concedidas a João Rodrigues Pereira de Almeida, o barão de Ubá, um dos desbravadores da região do Vale do Paraíba fluminense e importante pacificador dos índios que habitavam aquelas paragens.

Em 1830, morreu o barão, e seu pequeno império territorial, assim como a fazenda de Ubá, sede de suas propriedades, ficou para o seu único filho, José Pereira de Almeida. Com o passar dos anos, o herdeiro foi desfazendo-se das terras e, em 1862, Domingos Custódio Guimarães, visconde do Rio Preto, adquiriu uma das oito sesmarias que compreendiam as terras do outrora barão de Ubá. A propriedade, agora chamada de Santa Genoveva, permaneceria por alguns anos como mata virgem.

É provável que a sede tenha sido construída após o casamento da filha do visconde, Maria Amélia, com Domingos Theodoro d’Azevedo Júnior, em 1861, quando o casal recebeu a fazenda como dote.

O estilo arquitetônico escolhido por Domingos Theodoro para a sede surpreende a todos, porque imprimiu na construção não só as características neoclássicas da época, mas também as do palaciano, que só tinha paralelo na Corte do Rio de Janeiro. A riqueza decorativa do seu interior chama a atenção, e a capela, em geral instalada no corpo da casa, foi edificada aqui a alguns metros da sede, como invocação a Santa Genoveva.

Domingos Theodoro era um homem de negócios, pois além de fazendeiro, atuava como capitalista. Participou da construção da Companhia Estrada de Ferro Rio das Flores, como um de seus fundadores, e ocupou a presidência da empresa por vários anos.

Seus empreendimentos ficam claros no relato do jornal O Vassourense, de 30 de setembro de 1883, que narra a grandiosa festa que aconteceu na fazenda por ocasião da instalação de máquinas para o manejo do café.

“Refirimo-nos à inauguração de uma máquina de secar café, invenção acreditada dos srs. Taunay & Telles, de que fez aquisição o sr. comendador Domingos Theodoro, a cuja festa assistiram os seus autores, a imprensa diária da Corte, representada por seus repórteres, festa que encheu de júbilo o proprietário da fazenda e todos os convidados que viram o trabalho e tomaram parte no banquete comemorativo.” Naquele momento, a lavoura cafeeira fluminense já estava em crise, encaminhando-se para o fim. E isto não passava despercebido pelos fazendeiros de então, como mostra a observação feita na mesma matéria de O Vassourense:

“Tivemos motivo de contentamento, por saber que o município de Valença, e muito particularmente a sua lavoura, procura erguer-se do seu atraso, do seu abatimento, ostentando galhardamente a par dos melhoramentos que promove que o bom preparo dos seus produtos, os sentimentos de filantropia, diremos mais, os sentimentos de paternidade, para com os infelizes que, companheiros nos labores insanos do trabalho agrícola, regozijam-se e aplaudem com a efusão das almas generosas e puras, todos os fatos que elevam e fazem a prosperidade do seu senhor, que dissemos? Do seu melhor amigo.”

A decadência cafeeira agravou-se ainda mais com o término da escravidão, e Domingos Theodoro tentou usar em suas lavouras as mãos dos imigrantes italianos. Nesta ocasião, fundou a Companhia Agrícola Alto Parahyba, com sede em Niterói. É provável que, no início da República, ele tenha começado a perder o gosto pela vida rural, pois em 1890 vendeu duas de suas fazendas, entre elas a Santa Genoveva, para a Companhia Agrícola Alto Parahyba. Mas esta, com a “crise do Encilhamento” nos últimos anos do século XIX, foi à falência, e assim todas as fazendas que havia adquirido retornaram para a família.

Domingos Theodoro morreu em 1913. A fazenda Santa Genoveva passou, então, às mãos de seu filho Domingos e, posteriormente, para seus netos, até que em 1958 o ciclo dos Guimarães d’Azevedo se encerrou na fazenda Santa Genoveva. Após ser comprada por outras famílias, foi adquirida em 1990 pelos atuais proprietários da Agropecuária Santa Genoveva.